پروبیوتیكها میكروبهای انتخاب شده‌ای میباشند كه جهت جایگزین شدن در لوله گوارش انسان یا حیوانات مورد استفاده قرارمی‌گیرند . هدف از این جایگزینی بهبود شرایط فیزیولوژیكی و بطور كلی تغییر اكوسیستم پیچیده روده میباشد.

در طول لوله گوارش انسان تقریبا در شرایط عادی ۱۰۱۴ و یا ۱۰۰۰۰۰ برابر بیشتر از تعداد افراد جهان و بیشتر از ۴۰۰ نوع میكروارگانیسم متفاوت وجود دارد . موقعی كه یك فرد و یا یك حیوان متولد میشود دستگاه گوارش او فاقد هرنوع میكرو ارگانیسمی میباشد . بعد از تولد جایگزینی میكروبها شروع میگردد و میكروبها از محیط وارد دستگاه گوارش شده و تشكیل كلنی میدهند .

این میكروبها بوسیله غذای خورده شده و همچنین شرایط محیط روده تحت تاثیر قرار میگیرند. بعد از یك مدت زمان مشخص میكروبهای دستگاه گوارش بدلیل شرایط ثابت محیط و تركیب مواد غذائی و فیزیولوژی موجود تثبیت میگردند كه این برای حفظ حیات موجود ضروری میباشد این میكروبها تعداد زیادی از اعمال حیاتی از جمله تجزیه مواد غذائی ،تولید بعضی از متابولیتها ، از جمله اسیدها ، ویتامینها ، و باكتریوسینها و در نتیجه حذف رقابتی و تجزیه شدن تركیبات فعالی مثل هورمونهای استروئیدی و تحریك سیستم ایمنی بدن را انجام میدهند .

تحت شرایط عادی غلظت میكروارگانیسمها در طول لوله گوارش و در قسمتهای تحتانی دستگاه گوارش حتی به میزان ۱۰۱۱ افزایش می‌یابد. در حیوانات بعضی از عوامل، محیط لوله گوارش را تحت تاثیر قرار میدهند كه در این میان تنش مهمترین عامل تاثیر گذار بر روی دستگاه گوارش و در نتیجه روی عملكرد میباشد .

حمل و نقل ، تغییر درجه حرارت ، نوع ماده غذائی ، بیماریها ، و آنتی بیوتیكها فاكتور اصلی تغییردهنده توازن میكروبها در لوله گوارش می باشند.زمانی كه توازن میكروبی بهم میخورد احتمال تشكیل كلنی توسط باكتریهای بیماریزا در روده افزایش مییابد . تغییر ماده غذائی یكی از عوامل تغییر دهنده محیط میكروارگانیسمها میباشد و در طول زمانی كه این میكروارگانیسمها به محیط جدید عادت پیدا میكنند تعدادشان پائین تر از حد نرمال خواهد بود و این به معنی ایجاد فضا برای باكتریهای بیماریزا وتولید سم توسط آنهاست كه در نهایت موجب اسهال و یا مرگ حیوان خواهد شد .